Mit Blick auf Streckenlängen, Routen und Transportmittel gibt es zum Teil unterschiedliche Merkmale bei jedem der vier Transporte. Dementsprechend sind auch die Kosten je Transport unterschiedlich.
Nach aktuellem Stand wird für die Betreiber der deutschen Kernkraftwerke mit Gesamtkosten in Höhe eines mittleren zweistelligen Millionen-Euro-Betrags für alle vier Transporte zusammen gerechnet.
Für den Schienentransport der Abfälle von Frankreich nach Philippsburg in 2024 lagen die Kosten für die Betreiber der deutschen Kernkraftwerke im unteren zweistelligen Millionen-Euro-Bereich. Der Schiffs- und Schienentransport von England nach Biblis im Jahr 2020 lag in der gleichen Größenordnung.
Die Kosten der Zwischenlagerung werden aus einem staatlichen Fonds bezahlt, in den die Betreiber der deutschen Kernkraftwerke im Zuge der Neuregelung der Finanzierung der Entsorgung kerntechnischer Abfälle rund 24 Milliarden Euro eingezahlt haben.